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Vers une science des systèmes complexes
La mauvaise herbe : Origine du commensalisme (259) - Jeudi 22 mars 2007 15:00 - 13:00

La mauvaise herbe : Origine du commensalisme


Cet exposé prétend illustrer la puissance des outils modernes de simulation stochastique et de statistique bayésienne en génétique des populations. Présente où l'homme est présent, Arabidopsis thaliana est souvent considérée comme une mauvaise herbe. Répandu dans le monde entier, cet organisme modèle pour la génomique se prête particulièrement bien aux études de diversité moléculaire à grande échelle géographique. A l'aide de modèles bayésiens intégrant les lois de la génétique et les données spatiales, il est possible de segmenter la population en unités génétiquement différenciées. On peut alors localiser l'origine de l'expansion démographique grâce à des méthodes statistiques. En simulant des modèles de colonisation individu-centrés et la coalescence des lignées, on propose les dates les plus vraisemblables pour l'origine de cette expansion. A partir d'une étude portant sur 76 génomes européens, on met en évidence que la diversité d'Arabidopsis thaliana varie sur un axe est-ouest et que l'origine de l'expansion se trouve en Asie de l'ouest. Puis on montre que cette expansion est compatible avec la diffusion de l'agriculture en Europe à la période néolithique.

Olivier François, professeur à l'Ecole Nationale Supérieure en Informatique et Mathématiques Appliquées de Grenoble, membre du laboratoire TIMC. Il anime avec J.L.Martiel une équipe travaillant sur la modélisation des systèmes biologiques.

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