ASR pour la science
Conception d’une ferme de calcul pour la plateforme bio-informatique ATGC (135) - Jeudi 14 octobre 2010 16:00 - 16:30
Conception d’une ferme de calcul pour la plateforme bio-informatique ATGC
L’augmentation de la quantité de données biologiques crée de nouveaux besoins en infrastructure de calcul. L’équipe de recherche Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (M.A.B.) développe des méthodes et des outils pour la biologie moléculaire à grande échelle. Ces travaux sont valorisés et distribués sur la plateforme en ligne ATGC. Les besoins de l’équipe sont liés à deux usages :
un usage de production : pérenniser et accroître les ressources d’ATGC ;
un usage dédié aux expérimentations logicielles "offline".
L’équipe RéseauX du Service Technique Informatique (STI-RX) du Laboratoire d’Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (L.I.R.M.M.) a répondu aux besoins de la plateforme en proposant une architecture basée sur Sun Grid Engine et Mosix. L’équipe M.A.B est autonome sur certaines tâches d’administrations systèmes liées à la gestions des ressources de la ferme, notamment par le biais d’un outil que nous avons développé : nadm qui sera présenté dans cette intervention.
Stéphane George (LIRMM)
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